Estudos Genômicos de Flexibilidade e Energia Livre Associados à Distribuição de SNPs / Estudos Genômicos de Flexibilidade e Energia Livre Associados à Distribuição de SNPs

AUTOR(ES)
FONTE

IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia

DATA DE PUBLICAÇÃO

09/06/2011

RESUMO

Os SNPs (single nucleotide polymorphism) sao mutac oes resultantes de uma substituic ao, inserc ao ou delec ao que ocorrem em uma unica base. Tais substituic oes sao perpetuadas quando ocorrem erros de pareamentos (mismatch) que nao sao corrigidos. Existem dois tipos de substituic ao: transic ao, quando ha trocas entre purinas (A e G) ou entre pirimidinas (C e T), e transversao quando ha a substituic ao de uma purina por uma pirimidina ou vice-versa. Nos acreditamos que a ocorrencia e distribuic ao desses eventos evolutivos nos genomas ocorrem em func ao da pressao biologica seletiva mas por outro lado tambem podem estar relacionadas `as caracterısticas fısicas da microrregiao onde eles acontecem. Neste trabalho, nos avaliamos a influencia da energia livre e da flexibilidade da microrregiao genomica em func ao da distribuic ao de SNPs em um genoma de procarioto e oito genomas de eucariotos. Como as bases vizinhas tem um papel importante na ocorrencia desses eventos, analisamos as perturbac oes locais que um mismatch promove na estrutura do DNA levando em considerac ao a composic ao das bases imediatamente adjacentes ao erro. Para tanto, recuperamos da base de dados dbSNP (release 132) as sequencias depositadas de nove organismos as quais foram classificadas de acordo com a presenca de transic ao ou transversao nos seus genomas. A metodologia descrita na literatura para o calculo dos valores de energia livre e flexibilidade de dois pares de bases foi extrapolada para a avaliac ao dessas propriedades em uma microrregiao composta por tres pares de bases contendo um mismatch central. Nossos resultados indicam que para certos organismos, como por exemplo Apis Mellifera , existe uma correlac ao quase linear entre a ocorrencia de SNPs e a energia livre. E tambem possıvel constatar que os SNPs ocorrem preferencialmente em regioes do DNA cujas faixas de valores de energia livre sao altas. Por outro lado, nossos resultados tambem evidenciam que a flexibilidade de uma microrregi ao interfere na ocorrencia dos SNPs, uma vez que a maioria desses eventos tendem a ocorrer em regioes mais rıgidas quando comparadas `as regioes de pareamentos canonicos do DNA. Finalizando, ao correlacionar a energia livre e as flexibilidades, observamos que para genomas como os de mamıferos as transic oes tendem a ocorrer mais frequentemente em microrregioes mais estaveis e rıgidas da molecula ao passo que as transversoes sao frequentes em microrregioes menos estaveis, porem rıgidas do DNA.

ASSUNTO(S)

single nucleotide polimorphisms(snps) - biofisica molecular flexibilidade energia livre de gibbis dna

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