A simple low-cost simulation protocol for approximate localization of structural water molecules in DNA oligonucleotides

Utilizando um protocolo combinado de mecânica e dinâmica molecular, de baixo custo computacional, empregando-se a expressão e os parâmetros do campo de força OPLS-AA, foi possível reproduzir as principais características da primeira camada de hidratação de hetero-oligonucleotídeos de DNA em duplas hélices na conformação A (1DPL) e B (1DPN e 1ENN), conforme descrições cristalográficas com resolução atômica; nosso protocolo também reproduziu satisfatoriamente as características das primeiras camadas de hidratação de homo-oligonucleotídeos de DNA na conformação B [(AT)12...