Redes neurais artificiais aplicadas na caracterização e predição de regiões promotoras

AUTOR(ES)
DATA DE PUBLICAÇÃO

2007

RESUMO

A região promotora é uma seqüência de DNA que localiza-se anteriormente a uma determinada região gênica. Ela é responsável pelo início do processo de transcrição de um gene ou conjunto de genes. Assim, ela também atua como um elemento regulador da expressão gênica. O estudo da regulação da expressão gênica é relevante porque é essencial para a compreensão da maquinária vital dos seres vivos, já que a diferença entre duas espécies está mais relacionada em como e quando seus genes estão ativos ou inativos do que com a estrutura destes em si. Embora exista métodos computacionais para a predição de genes com boa acurácia, o mesmo não é conseguido para os promotores. Esta dificuldade deve-se ao pequeno e pouco conservado padrão das seqüências, gerando assim resultados com alto número de falsos positivos. Além dos motivos consensuais, os promotores possuem características físicas que os diferem de seqüências não-promotoras. No entanto, estas ainda não são amplamente utilizadas no problema de predição in silico de promotores. Este trabalho tem como objetivo a utilização de Redes Neurais Artificiais para predizer e caracterizar promotores de Escherichia coli através de duas abordagens: uma utilizando a codificação ortogonal e outra utilizando os valores de estabilidade da seqüência promotora. Para a caracterização, realiza-se a extração de regras do tipo if...then. Os resultados obtidos neste trabalho são de 80% para a predição com codificação ortogonal e 74% para a predição com a estabilidade. As regras extraídas, para as duas abordagens, atestam que mesmo degenerados, os motivos consensuais são determinantes para que a rede classifique uma determinada seqüência como promotora

ASSUNTO(S)

genética computação neural network prediction bioinformática promoters prokaryotic rede neural biologia molecular ciencia da computacao rede neural artificial

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