Detecção e mapeamento de polimorfismo de sequência única em uma população segregante de Eucalyptus spp / Detection and mapping of single feature polymorphisms (SFP) on a high-density short oligonucleotide array for Eucalyptus sp.

AUTOR(ES)
DATA DE PUBLICAÇÃO

2009

RESUMO

O gênero Eucalyptus apresenta ampla variabilidade genética, relacionada a características economicamente importantes, passível de ser explorada pela integração de métodos clássicos de melhoramento genético e genômica. Apesar dos avanços obtidos pelo melhoramento genético, espécies de Eucalyptus ainda estão nos estágios iniciais de domesticação apresentando, portanto, ampla oportunidade de ganhos pela seleção direcional. O desenvolvimento de mapas genéticos de alta resolução, enriquecidos com informação de genes, é uma estratégia com possibilidades de impactar futuras aplicações de melhoramento molecular. No entanto, com exceção de organismos para os quais o genoma encontra-se sequenciado, as técnicas atuais para se localizar genes em um mapa-referência têm mostrado eficiência limitada. Recentemente foi demonstrado em organismos modelo que microarranjos de oligonucleotídeos desenvolvidos para estudos de expressão podem ser utilizados para a detecção de polimorfismos de sequência, gerando marcadores denominados polimorfismos de elementos individuais (SFP, do inglês Single Feature Polymorphisms). As sondas no microarranjo detectam sítios polimórficos de SNPs ou -indels- nas regiões expressas fornecendo marcadores específicos de genes que, ao demonstrarem comportamento mendeliano, podem ser mapeados. O objetivo deste trabalho foi aplicar o princípio de descoberta, genotipagem e mapeamento de SFPs em uma população segregante F1 de E. urophylla x E. grandis. SFPs foram detectados com sucesso utilizando microarranjos de oligonucleotídeos contendo sequências derivadas de genes únicos gerados a partir de sequênciasconsenso de ESTs de diferentes espécies de Eucalyptus. Visto que essa classe de marcadores representa regiões gênicas, mapeamento de SPFs se torna uma abordagem eficiente para mapeamento em larga escala de genes em organismos com genoma não sequenciado. O uso da estratégia de pseudo cruzamento teste permitiu a detecção de marcadores dominantes segregando 1:1 e 3:1 em uma amostra da população de mapeamento. Um mapa genético saturado foi gerado com 884 SFPs sobre um mapa de referência pré-existente de 180 microssatélites, atingindo uma densidade média de um marcador a cada 1,2 cM em 11 grupos de ligação. O uso de um delineamento experimental que permite a detecção de SFPs segregando 3:1, além de aumentar a densidade do mapa e o número de genes mapeados, possibilitou o aumento da qualidade do mapa final. Os resultados também demonstraram que aumentando-se o número de sondas testadas por gene aumenta-se a probabilidade de detectar SFPs no gene alvo e consequentemente de mapeálo. Este é o primeiro trabalho de desenvolvimento e mapeamento de SFPs em Eucalyptus. A possibilidade de mapear genes em larga escala de forma rápida e acessível permite a condução de análises de co-localização destes genes com QTLs, abrindo espaço para a descoberta de potenciais genes candidatos que controlam esses QTLs para futuramente serem testados em experimentos de genética de associação.

ASSUNTO(S)

eucaliptus microarranjo expressão gênica sfp marcadores moleculares genetica e melhoramento florestal microarrays eucalyptus gene expression sfp molecular markers

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