AnÃlise de estruturas de proteÃnas

AUTOR(ES)
DATA DE PUBLICAÇÃO

2005

RESUMO

Neste trabalho sÃo tratados dois problemas relacionados a anÃlise estrutural de proteÃnas. O primeiro, denominado PrediÃÃo de Estrutura SecundÃria, diz respeito a um importante passo na inferÃncia da conformaÃÃo espacial de uma proteÃna: a localizaÃÃo de subestruturas recorrentes a partir de informaÃÃes referentes a sua sequÃncia de aminoÃcidos. O segundo refere-se ao desenvolvimento de mÃtodos para efetuar a Busca e ComparaÃÃo de PadrÃes Estruturais, os quais podem ser utilizados para a classificaÃÃo de proteÃnas ou mesmo na localizaÃÃo de possÃveis sÃtios ativos. A abordagem aqui apresentada para a prediÃÃo de estrutura secundÃria engloba um estudo crÃtico dos principais preditores disponÃveis na atualidade, alÃm do desenvolvimento de um novo preditor objetivando propor um tratamento simples e eficiente para tal problema. Tal preditor alcanÃou um percentual de acerto de 75,9%, o melhor desempenho conhecido sobre o banco de dados em que o mesmo foi desenvolvido. Os resultados significativos obtidos motivaram a realizaÃÃo de novos experimentos. MÃtodos de extraÃÃo de caracterÃsticas foram entÃo aplicados aos dados informados ao preditor, um procedimento inÃdito para a prediÃÃo de estrutura secundÃria. Uma anÃlise comparativa do comportamento do preditor mediante a presenÃa ou nÃo de uma fase de reduÃÃo de dimensionalidade foi tambÃm realizada. Para efetuar a busca e a comparaÃÃo de padrÃes estruturais foi proposta uma re- presentaÃÃo simplificada para as estruturas de proteÃnas. Tal representaÃÃo envolve informaÃÃes sobre os elementos de estrutura secundÃria e interaÃÃes espaciais entre estes, considerando a inclusÃo de parÃmetros inÃditos para este tipo de abordagem. Algoritmos clÃssicos da Teoria dos Grafos foram adaptados para tratar o problema de busca de ocorrÃncias de "motivos" estruturais e detecÃÃo de subestruturas comuns a um dado conjunto de proteÃnas. O algoritmo para a busca por motivos estruturais mostrou-se eficiente em testes realizados com conjuntos de proteÃnas globulares. Um ponto diferencial do mÃtodo desenvolvido para a detecÃÃo de subestruturas comuns à que este possibilita a anÃlise de todas as proteÃnas do grupo ao mesmo tempo, enquanto a maioria das abordagens disponÃveis atualmente constroem o alinhamento mÃltiplo comparando as proteÃnas duas a duas.

ASSUNTO(S)

proteÃmica, prediÃÃo de estrutura secundÃria, extraÃÃo de caracterÃsticas, comparaÃÃo de estruturas terciÃrias, redes neurais, isomorfismo de grafos. proteomics, secondary structure prediction, feature extraction, tertiary structure comparison, neural networks, graph isomorphism. ciencia da computacao

ACESSO AO ARTIGO

Documentos Relacionados